Enrique Flores Magón nació el 14 de abril de 1877, en Oaxaca.

Sus padres fueron Teodoro Flores y Margarita Magón.

Fue el hermano menor de Jesús y Ricardo Flores Magón.

En su juventud incursionó en el periodismo colaborando en "El Hijo de El Ahuizote". esta es una breve muestra de lo que plasmaba en sus lineas periodosticas: " Es menos espantoso que se derrame sangre que conquista la libertad y el bienestar, que continúe derramándose bajo el actual sistema político y social en provecho de nuestros explotadores y tiranos".

En 1902 fue apresado junto a su hermano Ricardo por sus duras críticas contra el dictador Porfirio Díaz.

En 1903 fueron expulsados a Estados Unidos.

Juntos abrazaron el anarquismo y en 1906 participaron en la fundación del Partido Liberal Mexicano.

Enrique volvió a editar el periódico "Regeneración" que fundaron sus hermanos y lo hizo circular clandestinamente por México hasta 1917.

Cuando murió su hermano Ricardo en 1923 se alejó del Partido Liberal. En 1933 participó en la fundación de la Confederación Campesina Mexicana y apoyó a Lázaro Cárdenas.

Finalmente, Enrique Flores Magón falleció en Ciudad de México el 28 de octubre de 1954.